Las infecciones de transmisión sexual (ITS) son de particular importancia porque son de tipo inespecífico, poco sintomáticas, por lo que suelen pasar desapercibidas, manteniéndose ocultas durante mucho tiempo y provocando una patología inflamatoria crónica de los órganos del aparato reproductor, que puede traer como consecuencia infertilidad y otras secuelas.

La infertilidad normalmente, se debe a factores de diversa naturaleza que en conjunto impiden la fecundación y/o el posterior embarazo. Un porcentaje importante de los casos de infertilidad son el resultado de ITS no tratadas, en especial la gonorrea y la clamidia, causada por Neisseria gonorrhoeae y Chlamydia trachomatis respectivamente o por complicaciones asociadas a las mismas. En la mujer, la clamidiasis y la gonorrea son también factores de riesgo para el desarrollo de lo que se conoce como enfermedad inflamatoria pélvica (EIP) en la que las trompas de Falopio sufren una inflamación crónica y posterior obstrucción, impidiendo que el ovocito llegue al útero.

En el caso de los hombres pueden dar lugar a inflamación de los testículos, la próstata y el epidídimo, lo que lleva a una peor calidad seminal al verse afectado negativamente el número de espermatozoides, la movilidad y la morfología de los mismos, así como la integridad del ADN. Además de las clamidias y los gonococos, los micoplasmas y ureaplasmas están también  relacionados con infertilidad masculina.